| 序号 | 项目名称 | 主要完成单位 | 主要完成人 | 获奖等级 | 获奖年度 |
| 1 | 寒冷应激状态下的神经内分泌免疫调制 | 医学院基础医学系 | 郭试瑜、蒋星红、单立冬、龚 珊、朱永进、 矫勇轶、许 爽 | 一等奖 | 2006 |
| 2 | 肾脏移植术后免疫干预及调控预防排斥反应的实验研究 | 附属第一医院 | 侯健全、欧阳骏、温端改、樊一笋、陈 强、 缪惠东 | 一等奖 | 2006 |
| 3 | 基于GA-MRF的复杂场景下的运动目标分割和识别技术的研究 | 电子信息学院 | 黄贤武、仲兴荣、陈 蕾、孙 兵、刘家胜 | 二等奖 | 2006 |
| 4 | 隔膜法制备高纯氰化亚金钾 | 化学化工学院 | 胡培荣、路建美、徐庆锋、周庆华、张 颖 | 二等奖 | 2006 |
| 5 | 高级生丝原料茧蚕品种的开发和利用 | 生命科学学院 | 虞晓华、顾静怡、章伯元、管竞芳、李凤菊、谢立群、毛建萍 | 二等奖 | 2006 |
| 6 | 环境污染物对机体健康影响分子生物标志物研究 | 放射医学与公共卫生学院 | 周建华、薛 莲、胡晓磐、陆肇红、张美荣、时夕金、徐国彬 | 二等奖 | 2006 |
| 7 | 面向高科技园区产业群的技术预见 | 计算机科学与技术学院 | 崔志明、施琴芬、浦根祥、程晓农、吴建国、万劲波、孙中峰 | 二等奖 | 2006 |
| 8 | 脊髓损伤模型中大脑与脊髓相互关系的比较 | 附二院 | 徐又佳、刘春风、蒋星红、成茂华、徐耀增、郑祖根、董启榕 | 二等奖 | 2006 |
| 9 | 大肠癌放免导向诊断与治疗 | 院二院 | 邢春根、鲍君杰、吾为一、钱建新、刘玉龙、周丽英、金留根 | 二等奖 | 2006 |
| 10 | 大肠癌血管生成与抗血管生成的实验和临床研究 | 附属第一医院 | 陈卫昌、刘 强、郑 黎、李 锐、傅建新、 陈桂林、康苏娅 | 二等奖 | 2006 |
| 11 | 复发难治性白血病的个体优化治疗研究 | 附属第一医院 | 吴德沛、马 骁、吴小津、孙爱宁、唐晓文、付铮铮、朱霞明 | 二等奖 | 2006 |
| 12 | 自体骨髓干细胞移植治疗中晚期心血管疾病的基础与临床研究 | 附属第一医院 | 沈振亚、焦 鹏、惠 杰、于曙东、余云生、叶文学、黄浩岳 | 二等奖 | 2006 |
| 13 | 流式细胞术在血栓与出血研究中的应用 | 附属第一医院 江苏省血液研究所 | 韩 悦、白 霞、王兆钺、戴 兰、沈文红、朱明清、施纪文、吴德沛、阮长耿 | 二等奖 | 2006 |
| 14 | 儿童急性白血病基因诊断及其治疗相关性研究 | 附属儿童医院 | 柴忆欢、李建琴、孔小行、何 军、李世刚、何海龙、卢 俊 | 二等奖 | 2006 |
| 15 | 中国部分地区放射治疗外照射设备的调查与分析 | 院属第二医院 | 田 野、朱雅群、王 蓓、季永领、李先明 | 三等奖 | 2006 |
| 16 | 抗前列腺实验研究干细胞抗原单克隆抗体的制备及其实验研究 | 院属第二医院 | 单玉喜、陶 伟、薛波新、王文熲、王云炎 | 三等奖 | 2006 |
| 17 | 脐带血AC133+细胞的辐射生物学特性的实验研究 | 院属第二医院 | 刘玉龙、戴 宏、姜 忠、胡勤芳、庄志祥 | 三等奖 | 2006 |
| 18 | 菲立磁增强MRI对超急性期放射性肝损伤评价的实验研究 | 院属第二医院 | 蒋 震、沈钧康、张彩元、赵培峰、范国华 | 三等奖 | 2006 |
| 19 | 共刺激分子CD80基因在消化道恶性肿瘤细胞发生与发展作用的实验与临床研究 | 附属第一医院 | 李德春、郑世营、朱兴国、张 勇、余文渊 | 三等奖 | 2006 |
| 20 | 抑制素-激活素-卵泡抑素系统对卵巢功能的调控作用 | 附属第一医院 | 沈宗姬、陈小平、周卫琴、陈友国、夏 飞 | 三等奖 | 2006 |
| 21 | 肾脏疾病中血小板活化及内皮细胞损伤的研究 | 附属第一医院 | 卢国元、沈 蕾、张海涛、谢 燕、王兆钺 | 三等奖 | 2006 |
| 22 | β-淀粉样蛋白在老年性痴呆发病机制中的作用 | 附属第一医院 | 薛寿儒、董万利、杨小旺、段晓宇、蒋建华 | 三等奖 | 2006 |
| 23 | 护理“合作教育”的研究 | 附属第一医院 | 薛小玲、钮美娥、方慧麟、童淑萍、孙志敏 | 三等奖 | 2006 |
| 24 | 大型综合医院急重症病人快捷护理服务路径的研究 | 附属第一医院 附属第二医院 | 李惠玲、杨惠花、童本沁、毛莉芬、王 洁 | 三等奖 | 2006 |
